Bij minder dan 1 procent van de mensen is sprake van een genetische afwijking waarbij het biologische geslacht niet helemaal duidelijk is. Soms passen de uiterlijke kenmerken bij het mannelijke of vrouwelijke geslacht, maar de inwendige kenmerken niet. En soms passen de uiterlijke kenmerken noch bij het mannelijke noch bij het vrouwelijke geslacht. Hier is sprake van DSD (disorder/differences in sex development) of intersekse, waar maar liefst dertig variaties in zijn.
In sommige gevallen kan een intersekse persoon de chromosomen van het ene geslacht hebben maar het uiterlijk van het andere geslacht. Iemand kan XY-chromosomen en mannelijke geslachtsorganen hebben, maar het lichaam kan niet reageren op testosteron, waardoor hij er dus vrouwelijk gaat uitzien (het androgeen ongevoeligheidssyndroom (AOS)). Een andere variant is dat er wel XY-chromosomen zijn, maar dat er een X-chromosoom te veel is (syndroom van Klinefelter).
Intersekse mensen kunnen chromosomen hebben die bij hun geslacht horen. Bij meisjes met adrenogenitaal syndroom (AGS), een andere intersekse variant, is bijvoorbeeld sprake van vermannelijking van de uitwendige geslachtsdelen, maar ze hebben XX-chromosomen, die bij vrouwen horen.
Intersekse is duidelijk geen derde geslacht en kan dus niet als argument worden gebruikt om aan te tonen dat het biologische geslacht een spectrum is. Inderdaad worden sommige mensen geboren met een mix van geslachtskenmerken, maar dat is betekent niet dat het menselijk geslacht dus non-binair is. Vergelijk het met het gegeven dat de meeste mensen tien vingers hebben. Sommigen hebben er minder of juist meer, maar dit leidt niet tot een ander model van het aantal vingers dat mensen hebben.
Meer hierover: Intersekse en DSD